해양군사학부는 대한민국해군과의 학ㆍ군 교류협정에 의해 개설된 교육과정으로 해양력 강화와 해군 부사관 및 군무원에게 적합한 특화된 맞춤형 교과목으로 편성되어 있다. 항해ㆍ기관운용전공과 해양구조ㆍ수중기술전공의 특성에 맞는 전문지식을 함양하고, 해군의 리더십 함양을 위한 해양전략, 해양과 첨단과학기술, 미래전 등에 관한 지식을 습득하여 지휘통솔력을 배양하여 직무능력을 향상을 목표하고 있다. 해군의 근무지 및 근무환경을 고려하여 전 수업을 해군교육사령부(창원시 진해구 소재)에서 진행하고 있으며, 재학생들에게 특별장학금 혜택을 부여하고 있다.